著書

• 3. 高原輝彦（2022）コラム6 環境DNA：生物モニタリング方法の最前線．In：身近な水の環境科学 第2版（日本陸水学会東海支部会編集）、40頁、朝倉書店、東京、2022年4月
• 2. 高原輝彦・岩井紀子・休場聖美（2021）3.2 種特異的環境DNA手法を用いた希少両生類研究とモニタリング．In：環境DNA―生態系の真の姿を読み解く―（企画：環境DNA学会）、57-69頁、共立出版、東京、2021年3月
• 1. 高原輝彦・源利文・土居秀幸（2014）水を調べるだけで生き物がわかる！〜環境中のDNAを利用した生物分布モニタリング法〜．In：身近な水の環境科学 [実習・測定編]ー自然の仕組みを調べるために（日本陸水学会東海支部会編集）、159-161頁、朝倉書店、東京、2014年6月 

その他

• 20. 尾形茂紀・高原輝彦（2024）特集・水生昆虫の保全の現状と問題「絶滅危惧種タガメの保全に向けた環境DNAの可能性」. 昆虫と自然、59巻5号、18-22頁、2024年3月 
• 19. 高原輝彦・山岸聖（2024）島根県飯南町来島湖における巨大なニホンウナギの発見報告. ホシザキグリーン財団研究報告、27号、241-244頁、2024年3月 
• 18. 山岸聖・吉田真明・福井克也・高原輝彦（2023）環境DNAとDNAバーコーディングを用いたニホンウナギの稚魚期に関する予備的調査. ホシザキグリーン財団研究報告、26号、215-228頁、2023年3月
• 17. 笹木快斗・山岸聖・高原輝彦（2022）隠岐島前西ノ島美田ダム上流におけるオキタゴガエルの発見例. ホシザキグリーン財団研究報告、25号、217-218頁、2022年3月
• 16. 高原輝彦・大久保一真・笹木快斗（2022）オキタゴガエルRana tagoi okiensisにおける卵塊の発見例と捕食-被食関係の予備的観察. ホシザキグリーン財団研究報告、25号、271-276頁、2022年3月
• 15. 伊藤健二・伯耆匠二・高原輝彦・菅原巧太朗（2021）2021年日本ベントス学会・日本プランクトン学会合同大会自由集会 開催報告「環境DNAを使ったベントス研究の現状：実際、どの程度使えるものなのか？」日本ベントス学会誌、76巻、135-136頁、2021年12月
• 14. 高原輝彦・服部真也・山中裕樹（2021） 環境DNAを用いた宍道湖-中海を利用する海産魚2種の季節移動性の推定. ホシザキグリーン財団研究報告、24号、161-170頁、2021年3月
• 13. 高原輝彦 (2019) 環境DNAを用いた水域生態系の解明に向けた取り組み. 用水と排水、61巻4号、64-70頁、2019年4月
• 12. 源利文・内井喜美子・高原輝彦・土居秀幸 (2017) 環境DNAモニタリング手法の課題と展望. 環境技術、46巻12号、648-652頁、2017年12月
• 11. 高原輝彦 (2017) 水生動物の生物量，季節分布と移動における環境DNA を用いた推定. 環境技術、46巻12号、636-641頁、2017年12月
• 10. 内井喜美子・源利文・土居秀幸・高原輝彦・山中裕樹・片野泉 (2016) 環境DNA分析：新しい水棲生物分布調査法. 日本生態学会誌、66巻3号、581-582頁、2016年11月
• 9. 源利文・内井喜美子・山中裕樹・高原輝彦・片野泉・土居秀幸 (2016) 環境DNA分析のさらなる進展にむけて. 日本生態学会誌、66巻3号、621-623頁、2016年11月
• 8. 高原輝彦 (2012) 「アウェイで教える生態学」参加者報告. 日本生態学会誌、62巻1号、75-76頁、2012年3月
• 7. 高原輝彦 (2011) 所員紹介ー私の考える地球環境問題と未来　”研究”というコミュニケーションツール. Humanity & Nature Newsletter、第30号、14頁、2011年2月
• 6. Teruhiko Takahara (2008) Study on the poisonous skin secretion on tadpoles of the winkle frog, Rana (Rugosa) rugosa. 京都工芸繊維大学大学院ベンチャーラボラトリー年報、第11号、189-192頁、2008年（in English）
• 5. 高原輝彦・三觜智奈美・山岡亮平 (2007) 情報化学物質を利用した外来魚の制御法の開発. 京都工芸繊維大学大学院ベンチャーラボラトリー年報、第10号、76-79頁、2007年（in Japanese with English summary）
• 4. 高原輝彦・山岡亮平 (2006) インホケミカルを利用した新規害虫（有害生物）防除法の開発. 京都工芸繊維大学大学院ベンチャーラボラトリー年報、第8・9号、29-30頁、2006年（in Japanese with English summary）
• 3. 高原輝彦 (2004) 水域における生物間情報化学物質の分離と同定. 京都工芸繊維大学大学院ベンチャーラボラトリー年報、6号、86-87頁、2004年（in Japanese with English summary）
• 2. 高原輝彦 (2003) 水界の捕食者由来の化学物質が被食者に及ぼす影響に関する研究―ケミカルコミュニケーションの化学物質同定―. 京都工芸繊維大学大学院ベンチャーラボラトリー年報、6号、8-9頁、2003年
• 1. 尾崎まみこ・高原輝彦・中村恭子・垣内眞彌子・山岡亮平 (2001) 匂い記憶の食欲変動―クロキンバエをモデルとして. 日本味と匂学会誌、8巻3号、323-324頁、2001年12月